テロリスト“アンバック”によって国連から『巨大聖櫃（ヘヴィ?アーク』』二基が強奪された。時を同じくして、軽井沢の高校に通う二ノ宮シロはいつもの通り高校の屋上でダラけていた。世界のかたすみで起きた、その重大事件が、自身の運命を大きく変えてしまうことも知らずに―――